ねが・う 【願う】

1) 神仏に、望みがかなえられるようにと請い求める。祈願する。 「家内安全を―・う」
——表示祈祷；

(2) 他人に対し、こうしてほしいと頼む。「先生に御出馬を―・う」「寄付を―・う」
 ——表示请求；

(3) 自分の気持ちとして、こうなってほしい、こうあってほしい、と強く思う。望む。「子供の幸福を―・わぬ親はない」
 ——表示希望、祝愿、祝福；

(4) 役所などに願いや申請を提出する。願い出る。「許可を―・う」
 ——表示申请。

いの・る 【祈る/▼ 祷る】

(1) 神や仏に願う。祈願する。「神に―・る」「―・るような気持ち」
 ——表示祈祷；
 〔古くは助詞「を」をとり、「天地の神を―・りてさつ矢貫(ぬ) き/万葉 4374」のように用いた〕

(2) 心から願っている。希望する。望む。「御健闘を―・ります」 ——表示祝福、祝愿、希望。

从以上两者的用法来看，在表示祈祷的意义上，两者还是相通的。举几个例子：

 １、私は神様に家内安全を願う。／我向神佛祷告保佑一家平安。

２、私は神様に赤ちゃんの無事誕生を願う。／我求神保佑孩子平安降生。

３、私は子供の病気が速くなおるように願う。／我祈祷孩子病快好。

４、私は世界に平和が来るように願う。／我祈求世界和平。

５、彼女は平和が訪れるようにと仏に祈った。／她向佛祈祷和平的到来。

６、病気全快を神に祈る。／向神祈祷早日病愈。

７、牧師が皆の幸福を神に祈る。／牧师为大家的幸福向神祈祷。

８、私は息子の合格を祈っている。／我祝愿儿子能被录取。

通过以上例句可以看出，两者意义大体相同。不过两者词性不同，因而用法也不同。

 「願う」是心理、感情动词，它主要是表达本人心中的祈盼心情的。它的用法应遵循感情类动词的一般特点，一般不能用于主体为第三人称，比如：

   彼女は平和が訪れるようにと仏に願う。
   牧師が皆の幸福を神に願う。

　但「祈る」却是一个动作动词，它主要是表达祈祷这个动作的，不仅可以用于第一人称，同时也可以用于第三人称。至于名词搭配问题，这都是一样的，没什么区别。