一旦申请成功，留学生学费将全部由文部科学省负担，并可享受到奖学金等多项补助。其中，硕士奖学金每月144,000日元，博士则为145,000日元。针对特殊领域研究者，每月还会增加2000至3000日元。

此外，在学习结束后回国的留学生还可以申请从日本回国的经济舱机票。

为了统一申请流程，文部科学省将申请提交时间确定在2012年11月26（星期一）～11月30日（星期五）期间。

选拔流程来看，首先由留学生所在大学的校长通过申请资料选拔和面试等选出优秀者，并推荐给文部科学省。文部科学省会在各所大学推荐的基础上，由专门进行外国留学生考核事务的“调查·研究合作者会议”最终确定录取人员名单。

最终结果将会以文件形式通知留学生所在大学的校长。

文部科学省在此次通知中，要求各大学对推荐者的年龄、国籍及是否具备双重国籍等条件进行严格审核。另外，对于校内选拔也提出了以下注意事项：

1. 加强宣传，避免因信息不畅导致有留学生错过申请机会。尤其要注意部分因升学等变更学校的留学生，以实现选拔·推荐的公平性。

2. 校内选拔要设置专门的“选拔委员会”，除了对资料进行审核外，一定要通过面试等方式全面了解学生情况，选拔各方面优秀人员，并根据排序进行推荐。而推荐人数方面，原则上不得比去年实际录取人数多于1名。

与此同时，文部科学省也提醒各所大学，随着已有奖学金人员升学并申请延长奖学金支付时间人数的增加，占用了现有国费留学生预算的很大比例，因此，此次录取将会采取较以往更加严格的选拔，即便是各大学推荐的人员也未必能全部入选。

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